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作物能不能留種和轉基因沒有直接關系，關鍵在于種子本身是常規種還是雜交種。轉基因性狀轉入到常規作物中就可以留種，轉入到雜交作物中則不適合留種。

農作物種子分為常規種和雜交種。雜交種是通過一定技術和方法將一個品種的花粉授給另一個品種從而結實產生的種子，雜交種能夠綜合父母兩個品種的不同優勢，甚至還可能會產生超越兩個品種的雜交優勢。在雜交種出現之前，農民一直通過自留常規種來種植莊稼。

受育種技術的限制，并不是所有的作物都可以輕易地實現雜交。比如雜交水稻技術正是在袁隆平院士等科學家不懈努力之下才實現的，為中國及世界糧食安全作出巨大貢獻。作物的特點不同、種子類型也不同。玉米目前基本都是雜交種，而大豆、小麥則多為常規種，水稻既有雜交種又有常規種。

農業生產上，如果使用了雜交種再對后代進行留種種植的話，因為性狀分離等遺傳規律，雜交產生的優勢就會丟失，作物會整齊度不一、農藝性狀會顯著下降，達不到現代化農業生產的要求。例如，玉米雜交種具有生產旺盛、產量高、抗病蟲害能力強的優勢，但是種子來年再種則會發生參差不齊、性狀不優、產量下降的情況，因此不宜留種，需要購買新種。而大豆、小麥常規種留種后性狀保持得較好，也就可以繼續作為種子使用，不必年年購種。

此外，小麥、玉米、水稻等作為糧食出售時，為了防止發芽帶來損失，有時候也會進行滅活處理，例如使用高溫熏蒸等措施來破壞種子內部結構。所以一般買來的糧食、進口的糧食是不能發芽或者發芽率不高，這和是不是轉基因也沒有任何關系。

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